Najważniejsze zmiany odnoszą się jedynie do spółek kapitałowych.

Zawężono katalog czynności objętych podatkiem jako zmiana umowy spółki kapitałowej (o pożyczki udzielone spółce przez wspólnika lub akcjonariusza ). Katalog spółek kapitałowych w rozumieniu ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych został rozszerzony o spółkę europejską .

Dla spółek osobowych zmiany jedynie o charakterze precyzującym katalog czynności uznawanych za zmianę umowy spółki.

Wyłączono z opodatkowania :

▪> czynności będące w świetle dyrektywy działaniami restrukturyzacyjnymi tj. łączenie i podział spółek kapitałowych, wniesienie do spółki kapitałowej wkładów niepieniężnych (aportów) w postaci oddziału innej spółki kapitałowej, przekształcenia spółki kapitałowej w inną spółkę kapitałową, a także czynności określane jako wymiana udziałów w spółkach kapitałowych polegająca na wniesieniu do spółki kapitałowej udziałów lub akcji innej spółki kapitałowej w zamian za udziały lub akcje tej pierwszej spółki.

Zwolniono z opodatkowania umowy spółki i ich zmiany związane z :

▪> przekształceniem lub łączeniem spółek w części wkładów do spółki albo kapitału zakładowego, których wartość była uprzednio opodatkowana podatkiem od czynności cywilnoprawnych lub podatkiem od wkładów kapitałowych do spółek kapitałowych na terytorium państwa członkowskiego innego niż Rzeczpospolita Polska albo od których zgodnie z prawem państwa członkowskiego podatek nie był naliczany. Przepis ten stosuje się odpowiednio do wkładów do spółki wniesionych przed dniem 1 stycznia 2001 r.

▪> podwyższeniem kapitału zakładowego pokrytego z niezwróconych wspólnikom lub

akcjonariuszom dopłat albo z niezwróconej pożyczki udzielonej spółce kapitałowej przez wspólnika lub akcjonariusza, które były uprzednio opodatkowane podatkiem od czynności cywilnoprawnych lub podatkiem od wkładów kapitałowych do spółek kapitałowych na terytorium państwa członkowskiego innego niż Rzeczpospolita Polska. Zwolnienie stosuje się do wartości kapitału zakładowego pokrytego przez spółkę kapitałową z pożyczki udzielonej przez wspólników lub akcjonariuszy od dnia 1 stycznia 2007 r. do 31 grudnia 2008 r. i dopłat wniesionych przez wspólników lub akcjonariuszy od dnia 1 maja 2004 r.

▪> podwyższeniem kapitału zakładowego w części dotyczącej wartości, o którą obniżono kapitał zakładowy w następstwie strat poniesionych przez spółkę kapitałową, pod warunkiem, że podwyższenie kapitału zakładowego następuje w okresie 4 lat po jego obniżeniu,

▪> jeżeli przedmiotem działalności spółki kapitałowej jest świadczenie usług  użyteczności publicznej w zakresie

- transportu publicznego, zarządzania portami i przystaniami morskimi,

- zaopatrzenia ludności w wodę, gaz, energię elektryczną, energię cieplną lub zbiorowego

- odprowadzania ścieków i w wyniku zawarcia umowy spółki Skarb Państwa lub jednostka samorządu terytorialnego obejmuje co najmniej połowę udziałów lub akcji w tej spółce albo w chwili zmiany umowy spółki Skarb Państwa lub jednostka samorządu terytorialnego posiada już co najmniej połowę udziałów lub akcji w tej spółce.

Zmiany dotyczące pożyczek między osobami obcymi

Zmianie uległ przepis określający zwolnienie z podatku umów pożyczek zawieranych miedzy osobami obcymi. Doprecyzowano okres, w którym należy liczyć limity kwotowe pożyczek, w ramach których zwolnienie obowiązuje. Od 1 stycznia 2007 r. łączna wartość pożyczek objętych zwolnieniem nie może przekroczyć 5 tys. zł ( od jednej osoby) i 25 tys. zł ( od kilku osób) w okresie trzech kolejnych lat. Zgodnie z wprowadzoną zmianą limity te odnoszą się do trzech kolejnych lat kalendarzowych, począwszy od 1 stycznia 2009 r.

Zmiany dotyczące pożyczek udzielanych przez wspólników

Podatek od czynności cywilnoprawnych nie będzie pobierany od pożyczki udzielonej przez wspólnika lub akcjonariusza spółce kapitałowej.

Opodatkowane nadal będą pożyczki dla spółek osobowych.

Deklaracje podatkowe

Od 1 stycznia 2009 r. weszło też w życie rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 16 grudnia 2008 r. w sprawie sposobu pobierania i zwrotu podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. nr 234, poz. 1577). Rozporządzenie określa wzory deklaracji podatkowych, które zostały dostosowane do nowych zasad opodatkowania umowy spółki i jej zmiany. Do najważniejszych zmian należy określenie nowego wzoru deklaracji składanej przez płatników (notariuszy), którzy zostali zobowiązani do wykazywania, w składanej do organu podatkowego deklaracji (PCC-2 wersja 4), kwoty podatku pobranego w danym miesiącu od umowy spółki kapitałowej i jej zmiany. Ponadto dostosowano do nowych regulacji wzór deklaracji w sprawie podatku od czynności cywilnoprawnych składanych przez podatników tego podatku (PCC-3 wersja 2).